Saat dalam perjalan, Satoshi dan teman-teman memutuskan untuk berhenti dan makan siang dahulu, namun mereka dihadang oleh 2 Pancham dan Tim Roket. Karena ulah Tim Roket para pokemon berpisah dengan para pelatih mereka, Satoshi dan yang lainnya mencari Pikachu dan pokemon mereka, sedangkan Tim Roket harus berhadapan dengan Pangoro.
Yoh yang kalah dari Faust meminta Manta untuk mengakhiri pertemanan mereka karena Yoh takut Manat akan diserang kembali dan nyawa nya terancam. Akhirnya Ryu menganjak Manta untuk ke kampung halaman Yoh di Izumo. Di perjalanan mereka bertemu mobil yang didalamnya ada dua orang shaman dan disana jugo Ryu dan Manta bertemu dengan kakek Yoh.
Sebelum menuju Kota Cyllage, Satoshi dan teman-teman memutuskan untuk berhenti di Lab Pokemon Sycamore. Lalu Tim Roket juga memutuskan untuk menculik Profesor Sycamore untuk mengetahui rahasia dari Mega Evolusi. Sementara Itu Satoshi dan Clemont sedang sibuk mengurus Chespin.
Satoshi dan teman-teman kembali ke kota Lumiose. Disana mereka bertemu Meyer, ayah dari Clemont. Meyer memberitahu kalau Clemont adalah Gym Leader di kota Lumiose. Lalu Clemont menceritakan bahwa robot yang pernah dia buat la yang selama ini menjaga tempat Gym Leader.
Kota selanjutnya merupakan kota yang berbeda, dimana orang-orang disana suka mempecantik pokemon milik mereka untuk mengikuti kontes kecantikan. Jessica yang merupakan seorang peserta yang mempunyai masalah dengan kepercayaan dirinya, lalu Jessica bertemu dengan Satoshi dkk.
Setelah kemenangan di Gym Battle di kota Santalune, Satoshi diperkenalkan pada kejuaraan balap Rhyhorn. Serena dan ibunya ternyata merupakan pembalap Rhyhorn yang terkenal. Ibu Serena akhirnya melatih Satoshi untuk mengikuti balapan. Sementara itu Tim Roket berencana menangkap Pikachu dan megacaukan balapan .
