Saat dalam perjalan, Satoshi dan teman-teman memutuskan untuk berhenti dan makan siang dahulu, namun mereka dihadang oleh 2 Pancham dan Tim Roket. Karena ulah Tim Roket para pokemon berpisah dengan para pelatih mereka, Satoshi dan yang lainnya mencari Pikachu dan pokemon mereka, sedangkan Tim Roket harus berhadapan dengan Pangoro.
Yoh yang kalah dari Faust meminta Manta untuk mengakhiri pertemanan mereka karena Yoh takut Manat akan diserang kembali dan nyawa nya terancam. Akhirnya Ryu menganjak Manta untuk ke kampung halaman Yoh di Izumo. Di perjalanan mereka bertemu mobil yang didalamnya ada dua orang shaman dan disana jugo Ryu dan Manta bertemu dengan kakek Yoh.
Sebelum menuju Kota Cyllage, Satoshi dan teman-teman memutuskan untuk berhenti di Lab Pokemon Sycamore. Lalu Tim Roket juga memutuskan untuk menculik Profesor Sycamore untuk mengetahui rahasia dari Mega Evolusi. Sementara Itu Satoshi dan Clemont sedang sibuk mengurus Chespin.
Satoshi dan teman-teman kembali ke kota Lumiose. Disana mereka bertemu Meyer, ayah dari Clemont. Meyer memberitahu kalau Clemont adalah Gym Leader di kota Lumiose. Lalu Clemont menceritakan bahwa robot yang pernah dia buat la yang selama ini menjaga tempat Gym Leader.
Para tengkorak milik Faust bisa dengan mudah bangkit kembali dan membuat Yoh kesulitan dan menghabiskan energi miliknya. Faust ingin menajdi Shaman King untuk menghidupkan kembali istrinya, Eliza. Silva yang melihat pertarungan mengatakan bahwa Faust tidak lebih dari 1% menggunakan kemampuannya, ditambah lagi Manta sedang diacam oleh Faust.
Di pertarungan pertama, Horohoro kalah melawan Yoh, dan lawan selanjutnya bernama Eerie atau yang lebih dikenal dengan nama Faust VIII. Silva mengatakan kepada Anna bahwa Faust sangat berbahaya, dia membunuh lawan-lawan sebelumnya tanpa menggunakan Oversoul.
Saudari Horohoro, Usui Prika datang mengunjungi kediaman Yoh dan mengetahui kalau Horohoro tinggal disana. Sementara itu Yoh dkk berlatih dengan Anna selama 2 minggu. Di tempat pertemuan mereka di tes lagi dan disana Horohoro melihat perkembangan Yoh dengan Oversoul barunya, Pertarungan kembali Yoh Vs horohoro.
Kota selanjutnya merupakan kota yang berbeda, dimana orang-orang disana suka mempecantik pokemon milik mereka untuk mengikuti kontes kecantikan. Jessica yang merupakan seorang peserta yang mempunyai masalah dengan kepercayaan dirinya, lalu Jessica bertemu dengan Satoshi dkk.
Setelah kemenangan di Gym Battle di kota Santalune, Satoshi diperkenalkan pada kejuaraan balap Rhyhorn. Serena dan ibunya ternyata merupakan pembalap Rhyhorn yang terkenal. Ibu Serena akhirnya melatih Satoshi untuk mengikuti balapan. Sementara itu Tim Roket berencana menangkap Pikachu dan megacaukan balapan .
